净化车间的布局不仅要便于各个生产环节的相互对接，还要便于加工过程的卫生控制，避免加工过程中的交叉污染。食品加工过程基本上来自原材料—→半成品—→成品的过程，即从非清洗到清洗的过程，因此，加工车间的生产原则上应按照产品的加工工艺顺序进行布置，使商品加工从不清洗到清洗环节，在加工过程中不能发生交叉和逆流。
清洁区与非清洁区之间应采取相应的隔离措施，以控制人员和物流，避免交叉污染，并根据传输窗口进行加工产品的传输。在车间的适当区域，设置工具清洁、消毒室，配备工作设备清洁、消毒清洁罐、消毒罐、浸洗罐，必要时有冷热水供应，热水温度不低于82℃
